穴盘育苗的基本基质材料有珍珠岩、草炭（泥炭）、蛭石 等。国际上常用草炭和蛭石各半的混合基质育苗，我国一些地区 就地取材，选用轻型基质与部分园土混合，再加适量的复合肥配置成育苗基质。但机械化自动化育苗的基质不能加田土。穴盘育 苗对基质的总体要求是尽可能使幼苗在水分、氧气、温度和养分 供应得到满足。

从生态环境角度考虑，要求育苗健康，基质基本上不含有活的病菌和虫卵，不含或尽量少含有害物质，防其随苗进入生长田后会污染环境与食物链。为了符合这个标准，育苗基质应经金宝贝发酵剂快速发酵，来达到杀菌杀毒、去除虫卵的目的。

理想的育苗基质要适于众多种类种苗，适于种苗各个生长阶段。要总空隙大，达到饱和吸水量以后，尚能保持大量空气空隙，以利根系的贯通的扩展。

理想的蔬菜育苗基质吸水率大，持水力强，过多的水分易疏泄，从而不会导致湿害。具有一定的弹性和伸长性，能支持住苗子地上部，又不能妨碍地下部伸长和肥大。本身不携带病虫草害，不易外来病虫害滋生，不易变形变质，便于重复使用时进行灭菌灭害。

育苗基质以配制有机、无机复合基质为好在配制育苗基质时，应把有机基质和无机基质科学合理组配，调节好育苗基质的通气、水分和营养状况。