育苗基质的选择是整个育苗技术中的关键因素，基质的好坏直接关系到出苗的质量与数量。基质的作用，一是对烟株和根系提供机械支撑；二是提供足够的空气供根系呼吸；三是提供适宜的水分和营养供烟苗生长。其中，协调好水、气之间的矛盾是选择和配比基质的关键。基质装盘包括育苗盘消毒和基质装填两个步骤。凡是使用过的苗盘，应再育苗前消毒。消毒方法是用0.5~0.1%高锰酸钾溶液喷洒苗盘，盖膜熏蒸1-2天，后用水冲洗干净。

所谓通气孔隙是指育苗基质中空气所能够占据的空间, 一般孔隙直径在0.1mm以上, 灌溉后溶液不会吸持在这些孔隙中而随重力作用流出;持水孔隙是指育苗基质中水分所能占据的空间, 一般孔隙直径在0.001-0.1mm 范围内, 水分在这些孔隙中会由于毛细管作用而被吸收。

适宜育苗基质的总孔隙度要在54%以上,持水量要大于150%。一般育苗基质的容重3以0.2-0.8gcm为好，既能固定根系，又适于长途运输。

基质配制，取新鲜干净的黄泥土，用孔径1毫米的筛子过筛，后把黄泥土和漂浮育苗基质厂家按一定比例混合均匀，混配比例一般为2:8或3:7，一般每袋是基质加黄土后能装湿润苗盘19-20盘，用混配均匀的干基质装盘即可。装填时先讲基质均匀填平盘面后，然后墩盘1-2次，墩盘高度10-15厘米，再用刮板刮去多余基质，使盘面平整，禁止用手或其它方法压实基质，预防松紧不一。装盘时要求充分、均匀、松紧程度适中，装后仔细检查格盘孔穴填料量是否一致。保证穴内基质自然填充，不架空、不过紧，应装得适度适量，装得过松或过紧都会影响烟苗的出苗质量。